Enlevé a l'âge de six a ses parents puis ensuite remplacé par un clone sujet a des troubles neuraux, John est conduit dans un complexe militaire situé a la surface de la plus puissante des Colonies-Intérieur, Reach, où il subira un entrainement intensif tout du long de son enfance jusqu'à son adolescence dans le but de faire de lui un super-soldat.
Super entrainé, biologiquement modifié (augmentation de la masse musculaire, greffe de métaux ultra-résistant sur les os, implant neuraux visant a accroitre les réflexes), armé de sa puissante armure MJOLNIR, John allias Spartan-117 tue des milliers de convenants dans les batailles pour les Colonies Intérieures.Mais chaque victoire au sol se traduis par une défaite en orbite où les innombrables vaisseaux Convenants vitrifies les mondes uns par uns.
Aprés avoir essuyer une défaite sur Reach John-117 se retrouve a bord du Pillard of Automn, un vaisseau commandé par le Capitaine Keyes assisté par la puissant IA Cortana. Contraint de s'enfuir dans le Sous-Espace le vaisseaux se retrouve devant une mystérieuse structure du nom de Halo, l'anneau-monde.
Là L'adjudant apprends de nombreux secrets comme le fait que Halo est une gigantesque arme capable de détruire des galaxies entières et découvre un nouvel ennemi, le Parasite. Durant son séjour le Major va effectuer plusieurs missions comme la libération du Capitaine Keyes sur le croiseur Convenant Truth And Reconciliation , l'attaque de la salle de contrôle.C'est en tentant d'avertir Keyes d'un danger énorme, selon Cortana, que l'Adjudant va affronter pour la première foi le Parasite.En sortant de la structure il rencontre 343 Gullty Spark qui va l'emmener chercher l'index a travers la bibliothèque.En possession de la précieuse index le Spartan retourne a la salle de contrôle de Halo afin d'activer celui-ci.Mais Cortan qui été restée dans l'ordinateur central de Halo a appris que celui-ci était en fait une arme gigantesque capable de détruire des galaxies entières afin de détruire la nourriture du parasite: toute forme de vie organique.Ensembles ils décident de détruire Halo mais Spark s'oppose a cette idée et envoie toute ces sentinelles pour les arrêter, en vain.
Une foi Halo détruit, il retrouve quelques rescapés et grâce a leur aide il capture un vaisseau Convenant l'Ascendant Justice.A bord de se vaisseau il retourne sur Terre.
Là, a bord de la station spatiale Le Caire, il revêt sa nouvelle armure de combat, MJOLNIR mark VI , afin de participer a une cérémonie de remise de médailles suite aux terribles événements de Halo.